杀菌作用是杀菌剂真正把病菌杀死。主要是病菌的孢子不能萌发，就不能侵入植物体内。
抑菌作用是杀菌剂抑制病害生命活动的某一过程，例如，抑制菌丝生长、抑制病菌产生吸器、抑制病菌有丝分裂、抑制细胞壁的形成等，使之不能发展，并非将病菌杀死。受抑制的一定时间内病菌失去致病能力，而作物继续生长。当药剂无效后，病菌仍能恢复生命。